Применяется NTFS аттрибут «compressed».
Кстати, то, что вы видите в каталоге C:\Linux\Ubuntu – скопировано с инсталляции Intrepid WUBI, и уже вполне беспроблемно загружается в Gnome, только перезагружаться чисто пока не хочет – подвисает при shutdown’е. Скорее всего, я просто накосячил при копировании.
UPD 2009-06-16:
Дело не в копировании. Виснет /sbin/killall5
А intrepid из C:\Linux\Ubuntu на NTFS без особых проблем проапрейдилась с DVD до jaunty.
Говорю «без особых», то есть связанных именно с особенностями файловой системы, потому что проблемы (впрочем, решаемые) при апгрейде для Ubuntu – пока скорее
норма 
